El club Independiente San Jose se funda en 1966 o 1968, su sede queda en la cuadra cinco de la avenida San Jose, Cercado, VMT, su presidente es el abogado y hoy comisario de la FPF, Elias Vara, su delegado Julio Cesar Herrera.
Al inicio participaban en el torneo que se desarrollaban en la cancha de la V , Asode El Sol. En la década del 70 participan en la Liga de VMT, en la segunda división. en 1977 ascienden a primera división, en ese equipo jugaban Dimas Alipazaga, el finado Juan Marteens Quintana, los hermanos Ángel y Ricardo Maldonado, Fernando de la Cruz., Candiotti. En 1979 bajan a segunda división. En 1990 asciende a primera división y se mantiene hasta el 2005.
En 1996 campeona en el torneo de primera de la Liga de VMT, participando en el interligas en partido de ida y vuelta contra el Quebrada Verde de Pachacamac , ambos partidos terminan en empate y pierden en definición de penales. En ese equipo que era dirigido por el Profesor Julio Luque jugaban una sola rueda todos contra todos los 16 equipos. San Jose campeono faltando jugarse dos fechas. su delantera eran Rata, Hormiga. En la defensa Roni Rivas que vino del 13 de enero de SJM, Erick que venia de Pamplona. En el medio Pitin Cañari Anicama junto a gallito Machahuay que jugaba de seis.
En el 2004 salvan la categoría en el ultimo partido al derrotar a El Sol por 3-2 luego de ir perdiendo por 2-0. Perdiendo El Sol la chance de clasificar al interligas. ese año en El Sol jugaban los hermanos Antonio y Carlos Peralta. Ese año bajaron en la Liga de VMT León de Huanuco y Diamantes. El 2005 no participa en el torneo y baja a segunda división .
Luego solo participo en Máster llegando al máster profesional jugando cuatro años esa categoría. Jugando con equipos como Perú Plast, Alianza, la U.
Jugadores que pasaron por las filas del San Jose y llegaron a mejor puerto. El volante apodado marrón que jugo el 93 y 94 en San Jose. llego a jugar en el Hidro de Huancayo que jugo la finalisima de la Copa Perú. Lalo Gallardo volante que jugaba con la diez, jugo el 95 en San Jose, luego de estar castigado un año se va a probar en el Unión Minas jugando el 97 en el puesto de lateral derecho, destacando por sus pases largos.
